Fue reina de Francia entre 1285 y 1305, debido a su boda con el futuro Felipe IV "el Hermoso" de Francia. Hija de Enrique I y de Blanca de Artois. Fue la última de la casa de Champaña.

Sucedió a su padre Enrique I, con apenas tres años de edad, actuando de regente su madre. Esta situación supuso un aumento de las presiones de castellanos, aragoneses y franceses, por casarse con la heredera e incorporar así el reino a sus dominios. Isabel, la madre de Juana, era francesa, hija del ya fallecido rey Luis IX, por lo que pidió ayuda a su hermano Felipe III de Francia, quien la desposó con su primogénito, cuando ella tenía once años y él dieciséis, ganando por la mano a Alfonso X el Sabio que deseaba casarla con su hijo. De ese modo, Felipe el Hermoso se convirtió en el rey Felipe I de Navarra, conde de Champaña y de Brie. La historia del reino de Navarra queda, desde este momento, unida a la historia del reino de Francia.

Al año siguiente, en 1285, falleció Felipe III, subiendo al trono su hijo como Felipe IV. Defendía un estado centralizado y omnipotente, y la necesidad de dinero para mantener este tipo de gobierno influyó en la política que se aplicó en Francia y en Navarra:

- Devaluación de la moneda, bajando su peso de oro y plata,
- Imposición de fuertes impuestos a los judíos, detentadores del dinero ya que la Iglesia prohibía a los cristianos dedicarse a la banca,
- Venta de títulos nobiliarios a los burgueses ricos,
- Exención de obligaciones a los siervos a cambio de dinero,
- Imposición de diezmos al clero. Bonifacio VIII, respondió prohibiendo al clero proporcionar subsidios a los laicos; el rey, prohibió la salida de oro y plata del reino, con la protesta del papa. Finalmente Bonifacio VIII cedió, pero en 1301 el rey detuvo al obispo de Pamiers, Bonifacio VIII reaccionó acusando al rey de violar las prerrogativas de la iglesia y se disponía a excomulgar al rey, cuando fue detenido por los hombres de éste. El papa murió al mes de este suceso, después de ser liberado por la población de la ciudad. Sus sucesores Benedicto XI y sobre todo Clemente V, elegido por intervención de Felipe, hicieron marcha atrás: Clemente V nombró cardenales franceses; derogó todas las decisiones de Bonifacio VIII contra Felipe II, y se instaló en Aviñón. El estado francés había vencido a Roma.
- Por último, como los Templarios, debido a su prestigio, habían ejercido como banqueros, decidió hacerse con sus riquezas, lo que logró acusando a la Orden hasta conseguir su disolución. Los jefes, incluido el Gran Maestre, Jacques de Molay, fueron detenidos en 1307 acusados de herejía. En 1309, un primer grupo de templarios fueron quemados en la hoguera. En 1312, la Santa Sede suprimió la orden, pero en 1314, Felipe mandó quemar a los dignatarios del Temple como relapsos. Así pudo apoderarse de los bienes mobiliarios de la orden; los inmobiliarios fueron otorgados a los hospitalarios.

En Navarra, el régimen francés acentúa el antijudaísmo, los reyes Felipe y Juana limitan la acción de los hebreos al establecer que en sus préstamos sólo recibirían lo prestado, sin ningún tipo de interés.

Otorgó a la orden de Grandmont la iglesia de Corella con todas sus rentas, valoradas en ciento veinticinco libras anuales, a cambio de los bienes del monasterio de Tudela, que revertieron a la corona, salvo el solar en que estaba edificado, el huerto, el acueducto y el aprovechamiento del monte de la Bardena.

Sin embargo no pudo derogar el Fuero General de Navarra, puesto por escrito en 1250 por la nobleza para evitar los abusos reales.

En 1304 Juana enfermó, y transfirió el título a su primogénito, Luis I de Navarra, de quince años a quien casó el mismo año con Margarita, hija del Duque de Borgoña. Según otras versiones, fue su esposo quien siguió como rey de Navarra, no gobernando el hijo hasta la muerte de su padre en 1314, cuando se convirtió en Luis I de Navarra y X de Francia.

Los tres hijos de Juana y Felipe (Luis, Felipe y Carlos) fueron sucesivamente reyes de Francia y Navarra, ya que todos murieron sin descendencia. Al morir Carlos, se planteó en Francia un problema sucesorio que llevaría al estallido de la Guerra de los Cien Años; sin embargo, en Navarra no tenía vigencia la ley sálica, es decir, que las mujeres no quedaban excluidas de la sucesión al trono, lo que permitió que una hija de Luis I, Juana II fuese coronada. La reina había contraído matrimonio con Felipe de Evreux, de manera que se conoció a esta nueva dinastía con el nombre de Casa de Evreux.