Juana había nacido en el castillo de Conflans, Francia, el 28 de enero de 1311, era hija del rey Luis I de Navarra y X de Francia, llamado El Obstinado, y de su primera esposa Margarita de Borgoña. La casaron con Felipe de Evreux cuando ella tenía seis años y él doce, lo que introdujo posteriormente la dinastía de los Evreux en Navarra.

De esta unión nacieron:

- María (1330 - 1347), casada con Pedro IV de Aragón.
- Carlos el Malo (1332 - 1387), Rey de Navarra.
- Blanca (1333 - 1398), casada en 1349 con Felipe VI de Francia.
- Inés (1334 - 1396), casada con Gaston III Febus, Conde de Foix y Vizconde de Bearn.
- Felipe (1336 - 1363), Conde de Longueville.
- Juana (1338 - 1387), monja.
- Juana (1339 - 1403), casada con Juan I, Vizconde de Rohan.
- Luis (1341 - 1372), Conde de Beaumont-le-Roger.

A la muerte sin sucesión masculina de Carlos I de Navarra y IV de Francia, estalló entre Francia e Inglaterra la Guerra de los Cien Años debido a las distintas interpretaciones de la Ley Sálica. En Navarra no existía tal ley, por lo que las Cortes no aceptaron a Felipe VI de Francia como rey, y designaron como heredera de la corona a Juana, nieta de la reina Juana I e hija del anterior rey. Ella y Felipe de Evreux son proclamados reyes en las Cortes de Puente la Reina y Pamplona en 1328,y juraron en Pamplona el 5 de marzo de 1329. A cambio de renunciar a los condados de Champaña y Brie (territorios asociados a la Corona Navarra desde el reinado de Teobaldo I), Juana recibió los de Angulema y Mortain.

Su gobierno destacó por:

- El mejoramiento del Fuero General Navarro, añadiendo treinta y cuatro capítulos con preceptos legales para corregir las disposiciones, intentando consolidar el poder real frente a la nobleza. Para esta reforma el rey escuchó el consejo de las principales dignidades civiles y religiosas del reino de Navarra, y las mejoras fueron aprobadas en las Cortes de Larrasoaña. - Con la misma finalidad, favorecieron a la burguesía urbana, incluyendo a sus delegados en las Cortes.
- Procuraron diversas mejoras administrativas, actualizando los registros y haciendo más eficiente la fiscalidad.
- Creación de algunos órganos de gobierno, como el Consejo Real que colaboró con el rey en tareas legislativas y judiciales, la Corte o tribunal superior de justicia, así como la Cámara de Comptos encargada de la recaudación de impuestos y de la hacienda regia.

En 1334, estalló una guerra con Alfonso XI de Castilla, que finalizó con la paz de Fraces en 1335, en la que se reconocía a Navarra la posesión del monasterio de Fitero y la del castillo de Tudugen.

Después de la derrota de los Benimerines en la Batalla del Salado, Felipe III participó en una de las guerras contra el rey de Granada, que condujo a la toma de Algeciras, falleciendo en Jerez durante el cerco de esta ciudad en 1343. Juana II seguirá siendo reina, hasta su muerte en 1349, momento en que se declara mayor de edad a su hijo Carlos "el Malo", que ya tenía 17 años.