Segundo hijo de Alfonso VII, que murió el 21 de agosto de 1157, dejando la corona de Castilla a su hijo mayor Sancho, y la de los reinos de León y Galicia a Fernando, contradiciendo su política unificadora. Su madre fue Berenguela de Barcelona.

Su educación fue confiada al conde gallego Fernando Pérez de Traba de la misma estirpe que los antiguos caballeros de su abuela, la reina Urraca, y de los preceptores y defensores de su padre, el emperador. Pronto fue iniciado en las tareas de gobierno. Desde 1151, en documentos del reino de León y del reino de Galicia es habitual su confirmación con el título de rex. Pronto se vio rodeado de importantes magnates de estos reinos como Poncio de Minerva, los condes Ramiro Froilaz, Pedro Alfonso, o el propio Fernando Pérez de Traba.

En un concilio iniciado en Valladolid el año 1155 se acordaron los términos de la división de los estados de su padre. Allí se asignaron claramente bajo su soberanía los reinos de León y Galicia, excluyéndose la Tierra de Campos, Sahagún y Asturias de Santillana.

En 1158 acuerda con su hermano Sancho III, en el Tratado de Sahagún (23 de mayo), guerrear contra los musulmanes, repartirse el territorio conquistado, no intentar reunir ambos reinos y la repartición del recién creado (1139) Reino de Portugal. La temprana muerte de su hermano, arruina tales planes.

Durante este tiempo Castilla se verá azotada por la rivalidad entre las poderosas familias de los Castro y de los Lara.

Durante la minoría de edad de su sobrino Alfonso VIII de Castilla, entró en Castilla (1159) al frente de un numeroso ejército, exigiendo, para poner fin a las calamidades que afligían al reino, que los Lara le entregasen la persona del rey su sobrino, de cuya educación ofrecía encargarse.

El 27 de septiembre de 1162 firma otro acuerdo, el Tratado de Agreda, esta vez con el aragonés Alfonso II el Casto.

En 1165 Fernando contrajo matrimonio con doña Urraca, infanta de Portugal e hija de Alfonso Enríquez, con gran contentamiento de todos y en especial del monarca portugués. Por aquel tiempo restauró y repobló a Ledesma y Ciudad Rodrigo, y esto dio motivo a que los habitantes de Salamanca que, al parecer, habían comprado la primera plaza por una suma considerable, tomaran la armas contra el rey y los magistrados de Ledesma; Fernando, sabedor de ello, marchó contra los sublevados con su ejército y los obligó por fuerza a volver a su ciudad.

Por motivos desconocidos Fernando invadió (1178) los estados de Castilla. Se apoderó de Castrojeriz y Dueñas antes que Alfonso VIII hubiese podido poner estas plazas en estado de defensa, y éste encontró, se ignora por qué causa, un aliado dispuesto a auxiliarle en Alfonso I Enríquez de Portugal (1178), que envió al momento a su hijo don Sancho contra su cuñado. Poco o nada se sabe de esta guerra, que sería sin duda de muy corta duración. En 1180 se avistaron en Tordesillas, donde pusieron fin a sus diferencias, los reyes de León-Galicia y de Castilla. Ese mismo año pierde a su esposa Teresa, al dar a luz un hijo, fallecido poco después de nacer.

De su matrimonio con doña Urraca de Portugal, en 1164, nació:

- Alfonso (1171 - 1230), posteriormente rey de León y Galicia con el nombre de Alfonso IX, que casó en 1197 con Berenguela de Castilla.

De su matrimonio con Teresa Nuñez de Lara, hija del conde Nuño Pérez de Lara y Teresa Fernández de Traba, en 1178, nació:

- Fernando (1179 - 1187);
- Sancho (1180).

De su matrimonio con Urraca López de Haro, hija de Lope Díaz, señor de Vizcaya, Nájera y Haro, en 1185, nació:

- García Fernández (1181 - 1184) (nacido antes del matrimonio).
- Sancho (1186 - 1220), señor de Monteagudo y Aguilar, que casó en 1210 con Teresa Díaz de Haro, hija de Diego López de Haro, señor de Vizcaya, y Toda Pérez de Azagra.

Urraca López, conociendo que se acercaba el término de la vida de su esposo, quiso elevar al trono de León a su único hijo superviviente, don Sancho, en perjuicio de don Alfonso, su hermano, que tuviera don Fernando de doña Urraca de Portugal. Para lograr su designio sostenía que el nacimiento de Alfonso era ilegítimo en cuanto había sido anulado el matrimonio de su padre, y éste, anciano ya y agobiado bajo el peso de sus achaques, se dejó por semejantes razones y desterró de su corte a su hijo primogénito. Este destierro fue un triunfo para la reina que, aprovechando la ausencia de su entenado, hizo todos los esfuerzos imaginables para acercar a su hijo al trono de su padre; los señores le opusieron una resistencia invencible, y, para mayor desgracia para la ambiciosa Urraca, el rey Fernando II, de quien unánimemente dicen las crónicas que fue esforzado, benéfico, liberal y piadoso, murió en Benavente, de regreso de su peregrinación a Santiago de Compostela, a los treinta y un años de su reinado. Fue inhumado en la catedral de Santiago de Compostela donde se conserva el sepulcro con su majestuosa efigie románica yacente (en la Capilla conocida como El Relicario).