Alfonso IX encontró enormes dificultades para acceder a un trono, que por derecho de nacimiento le pertenecía. Por una parte, se encontraba su madastra Doña Urraca, la cual quería eliminarle, pues pretendía que su hijo Sancho fuera el que heredara el Reino, a pesar de haber nacido más tarde. Doña Urraca argumentaba que Alfonso IX no tenía derecho al trono porque el matrimonio entre sus padres había sido anulado. A esto se le unía el deseo de los reinos vecinos de Portugal y Castilla de repartirse el Reino de León y el hecho de que la seguridad de las personas y sus bienes del Reino de León no era muy buena. No obstante, todo se resolvió a favor de Alfonso IX, debido a que Doña Urraca no consiguió apoyos para sus fines entre los leoneses.

El inicio del reinado fue sumamente complicado, pues como ya se ha dicho antes, los portugueses y castellanos ambicionaban las tierras del Reino por el Este y por el Oeste, mientras que los almohades suponían un gran peligro por el Sur. Por si las amenazas extranjeras no bastaran, el nuevo monarca se encontró con que el Reino estaba en bancarrota, debido a la política que había llevado su padre durante su reinado. Con esta situación, el monarca, que apenas contaba 17 años, convocó las famosas Cortes de León en 1188, en la cual fueron convocados por primera vez los representantes del pueblo para intervenir en asuntos de estado. Siendo de esta manera, las primeras Cortes Democráticas de Europa y del Mundo.

Recién coronado Alfonso IX, se reunió con su primo Alfonso VIII, Rey de Castilla en Carrión, con la intención de iniciar unas buenas relaciones con Castilla, que permitieran una paz duradera. La reunión consistía en una ceremonia para investir a Alfonso IX caballero, y como era costumbre en estos casos, Alfonso IX besó la mano del rey castellano, recibiendo por parte de este la espada y el cinturón propios de un caballero. Cabe destacar que en la misma ceremonia, fue armado caballero el Príncipe Conrado de Suabia, hijo del Emperador Federico Barbarroja, de Alemania. El príncipe había venido con el objetivo de desposar la Infanta Doña Berenguela, hija de Alfonso VIII, algo que debido a la oposición de esta, no pudo hacer.

Alfonso VIII de Castilla, más tarde, rompiendo el pacto y obsesionado con ampliar su territorio a costa del de León, entró con sus tropas en territorio leonés y se apodero de varias plazas que nunca habían pertenecido a Castilla, entre ellas, Valencia de Don Juan y Valderas. Rompía así las hostilidades con el Reino de León, invadiendo unos territorios que marcarían la política exterior de Alfonso IX.

Uno de los actos más importantes y destacables del reinado de Alfonso IX en el Reino de León fue la creación de la Universidad de Salamanca. En aquellos tiempos eran normales los estudios en las Catedrales de todo el Reino de León. Entre ellos destacaban los de la catedral de Santiago que contaba con muchos maestros, algunos de ellos extranjeros.

Hacía tiempo tiempo que Rodrigo Jiménez de Rada, había creado un Estudio general en Palencia, que acabó convirtiéndose en Universidad, un estudio donde los leoneses tenían difícil acudir, debido a los continuos choques entre León y Castilla. Es por esto que Alfonso IX decidió crear la segunda Universidad más antigua de España el año 1218, fundándose como Estudio Superior de Salamanca. Años más tarde, Fernando III el Santo la daría un gran impulso y Alfonso X el Sabio finalmente la convertiría en Universidad el 6 de mayo de 1254.