Consiguió el trono gracias al apoyo de gallegos y portugueses, siendo coronado y ungido en la catedral de Santiago de Compostela, aunque tras su proclamación tuvo que ponerse bajo la protección del Califato de Córdoba, ya que los empujes del Condado de Castilla y las rebeliones internas en el reino hacían prácticamente imposible que pudiese resolver tantos problemas él mismo. Como resultado, y aunque de resultas del protectorado logró recuperar Zamora, los ejércitos de Almanzor se quedaron en el Reino de León como fuerzas de ocupación y no logró expulsarlos, de forma violenta, hasta el 987.

Como consecuencia, Almanzor montó en cólera y destruyó Coimbra. Después avanzó sobre León, la sitió y la arrasó. Bermudo II se refugió entonces en Zamora, ciudad de la que tuvo que huir a Lugo tras la persecución a la que le sometió Almanzor, lo que causó la destrucción de ambas ciudades. No contento con esto, las tropas musulmanas conquistaron Gormaz y Coruña del Conde (aún conocida como Clunia) (994), Astorga (996) y saquearon el castro Bergidum (El Bierzo) y Santiago de Compostela (997).

En el 999 se agravó tanto la gota que padecía (de ahí su apodo) que le resultaba imposible cabalgar y tenía que ser transportado en una litera. Ese mismo año murió en el monasterio de Villabuena, El Bierzo (León) y fue enterrado en el Monasterio de Carracedo. Posteriormente, sus restos fueron trasladado a la Catedral de León.