Aficionado al teatro, a la pintura y, sobre todo, a la caza, delegó los asuntos de gobierno en manos de su valido, el duque de Lerma, el cual, a su vez, delegó en su valido personal Rodrigo Calderón; por influencia del duque, la corte española se trasladó temporalmente a Valladolid (1601), volviendo luego a Madrid (1606). Murió en Madrid, el 31 de marzo de 1621, a causa de fiebres y erisipela.

Bajo su reinado la Monarquía Hispánica alcanzó su mayor hegemonía imperial y mayor expansión territorial, consecuencia denominada como Pax Hispánica. Aunque el imperio llegaría a alcanzar su cenit durante el reinado de Carlos III, entorno al año 1790.

En 1609 se decretó la expulsión de los moriscos de España por los siguientes motivos:

- La actitud de cristianos poco convencidos, en un Estado defensor del catolicismo.
- Su posible alianza con los turcos y berberiscos que atacaban constantemente las costas de Levante.
- Su impopularidad entre la población.
- La necesidad del Estado de controlar sus riquezas y valores.

Entre 1609-1610 se llevó a cabo su salida de la península. Para esta operación fueron movilizados 30.000 soldados y la Armada fue la encargada de su transporte hasta Túnez o Marruecos. Se expulsó a unos 300.000 moriscos aproximadamente.

Esta medida afectó considerablemente al Reino de Valencia, a las vegas de Aragón y a las huertas de Murcia. La pérdida de mano de obra y de propietarios que pagasen rentas en esas zonas disminuyeron considerablemente. Los cultivos de azúcar y arroz tuvieron que ser sustituidos por la morera, la viña y el trigo.

Al drama humano de miles de personas obligadas a abandonar sus casas, se le sumó la persecución sufrida más tarde en Marruecos. Además de la pérdida de muchos súbditos, la variedad cultural - conseguida por los Reyes Católicos - desapareció durante siglos.

Felipe III y la reina Margarita de Austria-Estiria tuvieron ocho hijos:

- Ana María Mauricia (22 de septiembre de 1601; † 20 de enero de 1666), reina consorte de Francia, esposa de Luis XIII.
- María (*/† 1 de febrero de 1603).
- Felipe (8 de abril de 1605; † 17 de septiembre de 1665), futuro Felipe IV casado con Isabel de Borbón.
- María Ana (18 de agosto de 1606; † 13 de mayo de 1646), emperatriz del Sacro Imperio, esposa de Fernando III.
- Carlos de Austria (15 de septiembre de 1607; † 30 de julio de 1632).
- Fernando (16 de mayo de 1609 ó 24 de mayo de 1610; † 9 de noviembre de 1641), conocido como el Cardenal-Infante.
- Margarita (*/† 24 de mayo de 1610).
- Alfonso (*/† 22 de septiembre de 1611).