Casado con Constanza de Portugal, hija de Dionisio I, con la que tuvo dos hijos:

- Leonor (¿? - ¿?), que se casaría con Alfonso IV de Aragón y;
- Constanza (1308 - 1310);
- Alfonso el Justiciero (1311 - 1350), que sería su sucesor con el nombre de Alfonso XI.

Tenía nueve años cuando murió su padre, por lo que asumió la regencia y tutoría su madre, María de Molina, hasta que el rey fue mayor de edad en 1301. A Fernando se le había proclamado rey en Toledo en 1295, con numerosa representación de los tres brazos políticos de León y de Castilla, pero este acto no fue sino el comienzo de unos años turbulentos en que no cesaron las intrigas y las luchas por el poder por parte de la nobleza y de los reyes de Aragón, Portugal y Francia.

Fue un reinado azaroso y difícil. Durante catorce años se desató una gran anarquía contra la que luchó con bastante tino la reina regente, mujer muy sabia y de gran inteligencia y dominio político. María de Molina pudo contener bastantes desafueros y consiguió mantener en el trono a su hijo Fernando. Las luchas internas y rivalidades venían como una herencia del reinado anterior. De nuevo salieron a la luz las pretensiones del infante Juan, Señor de Valencia de Campos, (tío del joven rey, que había sido enemigo acérrimo de su propio hermano Sancho IV y las del primogénito de la Cerda, es decir, el hijo de don Fernando de la Cerda, (hijo a su vez de Alfonso X el Sabio), por lo tanto, primo del joven rey Fernando IV. Estos dos enemigos supieron aliarse con el rey de Portugal, Alfonso IV el Bravo, con el de Aragón, Jaime II y con el rey de Francia, Felipe IV el Hermoso, que era señor de Navarra y que quiso aprovechar las luchas y desavenencias para ensanchar sus dominios, pero no consiguió nada.

Los nobles se levantaban contra el rey y pedían nuevas mercedes en pago de una cierta lealtad, pero una vez obtenidas volvían a sus feudos para maquinar nuevas sublevaciones. Poco a poco y gracias al gran prestigio que tenía y al buen hacer político, María de Molina fue consiguiendo desarmar a estos nobles sublevados. Incluso el infante don Juan llegó a prestar obediencia al rey y el rey de Portugal aplacó sus ánimos belicosos. Doña María luchó con todas sus armas por mantener en paz el trono y podérselo entregar a su hijo en condiciones bastante favorables, aunque los historiadores cuentan que cuando Fernando IV llegó a la mayoría de edad, se mostró ingrato con su madre e incluso la pidió cuentas de la inversión de los fondos públicos, fondos que se habían empleado muchos de ellos para mantener la paz. La reina madre supo afrontar con entereza y con dignidad la situación de humillación en que la ponía su hijo y presentó las cuentas al pie de la letra, en las que se pudo ver cómo ella había puesto dinero propio para el erario. También presentó las joyas de Sancho IV, intactas, a requerimiento de su hijo, más las suyas propias.

La leyenda cuenta que Fernando IV sentía un gran odio por estos dos rivales, Juan y Pedro Alfonso de Carvajal. Pidió a su favorito Juan Alfonso de Benavides que los asesinara. Hubo una lucha en legítima defensa, pero como en el altercado murió el noble favorito del rey, éste mandó prender a los hermanos que fueron hallados y detenidos en la feria de Medina del Campo (Valladolid), cuando compraban los arreos para sus caballos. El castigo consistió en encerrarles en una jaula en el castillo de Martos (muy cerca de la ciudad de Jaén), y hacerles despeñar a los pocos días por el precipicio. Los hermanos Carvajal se habían declarado inocentes, pues la muerte del noble había sido en defensa propia y no por asesinato, así que en el momento de ir a morir emplazaron al rey a una muerte segura cuando pasara un mes, en el caso en que ellos fueran realmente inocentes, (juicio de Dios). El rey murió al mes justo de esta ejecución en la ciudad de Jaén. Por eso a este rey se le conoce con el apodo de el Emplazado.